Trong suốt thế kỷ XIX, Colombia là một quốc gia bất ổn định về chính trị, điều đó phát triển trở thành nguyên nhân chủ yếu của chiến tranh vào năm 1886. Đây là năm mà chính phủ áp chế hiến pháp năm 1863 và thay thế bằng một văn kiện bảo thủ và trung ương tập quyền hơn. Người ta phê bình Hiến pháp năm 1863 là kết quả của thái độ quá khích của phái liên bang chủ nghĩa trong thời kỳ mà những phần tử cấp tiến tự do chấp chính.

Với thời kỳ Regeneración (Phục hưng) đánh dấu bằng thời điểm ban bố hiến pháp chế định năm 1886, gây nên một sự thanh trừng tàn bạo chế độ tập trung trung ương chỉ có thể làm trầm trọng thêm các vấn đề chính trị. Chính phủ của một số địa khu sớm bắt đầu bất bình về những vấn đề này với chính quyền trung ương. Quyết sách chính trị kém cũng dẫn đến các vấn đề kinh tế. Lãnh tụ bản địa Victoriano Lorenzo tranh thủ đấu tranh kêu gọi chính quyền cho người Mỹ da đỏ địa quyền và quyền tự trị kinh tế, và sớm tiến hành đàm phán thành lập liên minh với phái Tự do chủ nghĩa.[13]

Cuộc chiến khai thủy là kết quả của cuộc đối kháng giữa phái Tự do và phái Bảo thủ. Chính đảng Bảo thủ đã sử dụng các quy trình gian lận bất chính gạt bỏ những người tự do để duy trì quyền kế tục chấp chính, và điều này làm các phái đối lập đại phẫn nộ. Ngoài ra, Tổng thống Manuel Antonio Sanclemente bệnh càng nghiêm trọng, quá yếu ớt để thống lĩnh quốc gia dẫn đến khoảng trống quyền lực rộng lớn.

Sau khi Tổng thống Sanclemente thụ quyền cho Phó Tổng thống Marroquin thống lĩnh Colombia vì lý do sức khỏe[14], Phó tổng thống liền tiếp cận và vận động đối lập những người bảo thủ lịch sử của đảng Bảo thủ, làm cho họ mất ghế, đảm nhiệm tổng thống[15].

Khoảng trống quyền lực nhất thời này đã dẫn đến chiến tranh, bắt đầu bằng cuộc công kích vào thành phố Bucaramanga bởi những người tự do có tổ chức kém, nhằm kích động đối ứng của chính quyền trung ương. Phái Bảo thủ chấp chính đội quân quốc gia chính quy có tư trợ áp đảo phe tự do đấu tranh. Dù sau này phải vật lộn để chống việc những người chính quy xuất ngũ, ngoại trừ địa khu Santander và Panama, nơi họ duy trì quyền lực ở tiền tuyến rất dễ dàng.

Thời kỳ này là một thời kỳ phục hưng của một hiện tượng hòa giải chủng tộc với sự chứng thực của người da đen với những người tự do (lòng trung thành truyền thống bắt nguồn kể từ khi những người tự do phản chế độ nô lệ và phái bảo thủ ủng hộ chế độ nô lệ ở Colombia)[16].